Công văn 7552/CT-QLNT: doanh nghiệp chế xuất chuyển đổi mục tiêu phải điều chỉnh, thay thế hóa đơn đã lập

Nhiều nhà cung cấp nhỏ bán hàng, làm dịch vụ xây dựng cho doanh nghiệp chế xuất và quen xuất hóa đơn thuế suất 0% ngay từ khi đối tác mới có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Công văn 7552/CT-QLNT ngày 12/10/2026 của Cục Thuế cho thấy cách làm đó có rủi ro nếu đối tác sau này không còn là doanh nghiệp chế xuất.

Theo công văn, doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu chế xuất được ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc giấy xác nhận của cơ quan đăng ký đầu tư. Tuy vậy, sau khi xây dựng xong, doanh nghiệp phải được hải quan xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát trước khi chính thức hoạt động. Không được xác nhận thì không được hưởng chính sách thuế khu phi thuế quan. Trường hợp trong lúc đầu tư doanh nghiệp đã chuyển đổi mục tiêu sang doanh nghiệp không chế xuất, nhà cung cấp và doanh nghiệp phải điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử đã lập: trước ngày 01/7/2026 theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP, từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Ví dụ: một công ty nội thất nhỏ đã xuất hóa đơn thuế suất 0% cho một doanh nghiệp chế xuất đang xây nhà xưởng; sau đó doanh nghiệp này chuyển sang hoạt động như doanh nghiệp thông thường. Công ty nội thất cần phối hợp với khách lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế về đúng thuế suất áp dụng, rồi kê khai lại thuế GTGT đầu ra.

Việc cần làm: lưu bản chụp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và văn bản xác nhận của hải quan của khách chế xuất trong hồ sơ hợp đồng; hỏi rõ tình trạng chuyển đổi mục tiêu trước khi xuất hóa đơn 0%; khi phát hiện khách đã chuyển đổi thì xử lý hóa đơn theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Lưu ý đây là công văn trả lời cho Thuế thành phố Bắc Ninh về một trường hợp cụ thể, dùng để tham khảo cách hiểu của Cục Thuế chứ không thay thế quy định gốc.