Công văn 7839/CT-QLNT: doanh nghiệp chế xuất chấm dứt dự án khi chưa đủ điều kiện giám sát hải quan thì không hưởng thuế suất 0%, nhà cung cấp nội địa phải điều chỉnh hóa đơn

Nhiều doanh nghiệp nhỏ trong nước làm nhà cung cấp vật tư, xây lắp, dịch vụ cho các doanh nghiệp chế xuất mới vào đầu tư và xuất hóa đơn thuế suất 0% vì coi đây là bán vào khu phi thuế quan. Công văn 7839/CT-QLNT ngày 20/10/2026 của Cục Thuế, trả lời Thuế thành phố Quảng Ninh, cho thấy rủi ro khi doanh nghiệp chế xuất đó dừng dự án giữa chừng.

Cục Thuế dẫn Nghị định 35/2022/NĐ-CP, Nghị định 18/2021/NĐ-CP, Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP để kết luận: doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, giấy chứng nhận điều chỉnh hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất. Nếu doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chấm dứt dự án và chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không được hưởng chính sách khu phi thuế quan. Khi đó việc mua bán với nhà cung cấp nội địa được xác định là mua bán giữa các doanh nghiệp trong nội địa, và nhà cung cấp phải điều chỉnh, thay thế hóa đơn điện tử đã lập theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Ví dụ: một công ty cơ khí đã xuất hóa đơn thuế suất 0% cho một doanh nghiệp chế xuất đang xây nhà xưởng. Sau đó doanh nghiệp chế xuất dừng dự án, chưa từng được hải quan xác nhận đủ điều kiện giám sát. Công ty cơ khí phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế với thuế suất áp dụng cho bán hàng trong nước, kê khai thêm thuế GTGT đầu ra và thu thêm phần thuế từ khách nếu hợp đồng cho phép.

Việc cần làm: trước khi xuất hóa đơn 0% cho doanh nghiệp chế xuất, xin bản Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và văn bản xác nhận đủ điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan, lưu cùng hợp đồng.

Đây là công văn trả lời một trường hợp cụ thể, cơ quan thuế địa phương vẫn căn cứ hồ sơ thực tế để hướng dẫn.